Το Εργαστήριο Βιοχημικής Μηχανικής & Τεχνολογίας Περιβάλλοντος (ΕΒΙΜΗΤΕΠ) ιδρύθηκε το 1990 με σκοπό τη διεξαγωγή έρευνας και παροχή εκπαίδευσης στο αντικείμενο της ανάπτυξης, σχεδιασμού, μαθηματικής μοντελοποίησης και βελτιστοποίησης βιοχημικών διεργασιών με εφαρμογή στην παραγωγή βιοτεχνολογικών προϊόντων υψηλής προστιθέμενης αξίας και στην επεξεργασία και αξιοποίηση υγρών αστικών και βιομηχανικών αποβλήτων. Η έρευνα στο ΕΒΙΜΗΤΕΠ καλύπτει ένα ευρύ φάσμα αντικειμένων που περιλαμβάνουν από βασική έρευνα των κύριων μηχανισμών που λαμβάνουν χώρα στις μελετώμενες βιοχημικές διεργασίες έως το σχεδιασμό και βελτιστοποίηση βιοδιεργασιών σε βιομηχανική κλίμακα. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε βιολογικές αλλά και συνδυασμένες (βιολογικές – φυσικοχημικές) διεργασίες για την αφαίρεση των θρεπτικών συστατικών αζώτου και φωσφόρου (αφαίρεση νιτρογενών ουσιών από υγρά απόβλητα, συσσώρευση σε φυσικά οικοσυστήματα, κύκλος αζώτου και φωσφόρου στη φύση), την απομάκρυνση ξενοβιοτικών ουσιών από τα υγρά απόβλητα και την ολοκληρωμένη επεξεργασία αγροτοκτηνοτροφικών και βιομηχανικών αποβλήτων. Ειδικότερα, αναπτύσσονται καινοτόμες τεχνολογίες αλλά και μέθοδοι ολοκληρωμένης διαχείρισης για την επεξεργασία και αξιοποίηση διαφόρων τύπων αγροτοκτηνοτροφικών αποβλήτων, γεωργικών και οργανικών υπολειμμάτων και ενεργειακών φυτών με ταυτόχρονη παραγωγή προϊόντων υψηλής προστιθέμενης αξίας (π.χ. βιοπλαστικών, βιοεπιφανειοδραστικών ουσιών κ.ά) ή/και ενέργειας μέσω της παραγωγής αερίων και υγρών βιοκαυσίμων, όπως μεθάνιο, υδρογόνο, βιοαιθανόλη κ.ά.
Παράλληλα χρησιμοποιούνται σύγχρονα περιβαλλοντικά εργαλεία και τεχνικές, όπως η Ανάλυση Κύκλου Ζωής (Life-Cycle Analysis, LCA) για την εκτίμηση των περιβαλλοντικών επιπτώσεων κατά την ανάπτυξη νέων βιο-προϊόντων ή διεργασιών.